Cara, eu tenho lutado com esse por anos. Se você quer gastar muito dinheiro, há vários sistemas de gerenciamento de documentos comerciais por aí. Se você não puder gastar muito dinheiro, provavelmente desejará procurar soluções livres ou de código aberto. Você pregou os dois grandes, WSS e Alfresco.
O grande problema com a adoção é que os sistemas de gerenciamento de documentos são difíceis de entender e usar. Tanto o Alfresco quanto o WSS facilitam bastante o trabalho com documentos do Microsoft Office diretamente do aplicativo por meio do protocolo Sharepoint, e acredito que ambos estejam no caminho para suportar o CMIS, o que pode ou não facilitar as coisas no futuro (para outros aplicativos) .
O grande benefício dos sistemas de gerenciamento de documentos, pelo menos no caso de você estar descrevendo, é que você pode forçar modelos de conteúdo. Ou seja, você pode impor metadados obrigatórios para cada tipo de conteúdo, e essa meta-informação é armazenada e morre com o documento. Não há mais convenções de nomenclatura de arquivos e pastas.
Então, é claro, você tem seus benefícios padrão: pesquisabilidade, controle de versão, fluxo de trabalho, etc.
Tendo avaliado Alfresco (e Alfresco Share) e WSS, eu diria que o WSS vai fazer você ir muito mais rápido do que o Alfresco. Primeiro, o WSS faz a autenticação integrada do Windows / AD pronta para uso. O Alfresco pode fazer isso, mas não é trivial configurar, especialmente se você não estiver familiarizado com aplicativos da Web baseados em Java (muitos XML!). Segundo, você pode criar seus modelos de conteúdo no WSS através do navegador com bastante facilidade. O Alfresco é consideravelmente mais difícil de trabalhar com relação a isso, e você se verá invadindo um grande número de arquivos XML para atingir o mesmo objetivo.Na minha opinião, o Alfresco é extremamente poderoso, mas é um aplicativo meio cheio e meio quadro. Ou seja, ele tem um bom cliente web que pode fazer um pouco, mas é um benefício real em seu repositório principal, que você pode obter através de "web scripts" de javascript, CMIS, Java, etc. Se você fosse Para construir um sistema de gerenciamento de documentos para sua empresa, a Alfresco seria uma excelente base para começar.
Se eu fosse você, configuraria tanto o WSS quanto o Alfresco e brincaria com eles (não deixe de experimentar o Alfresco Share, além do aplicativo padrão Alfresco Explorer). Dentro de algumas semanas, você terá uma boa compreensão do que eles são capazes e se você obterá algum tipo de adoção de seus usuários. Certifique-se de colocar algum foco nos casos de borda. Descobri que esses sistemas são ótimos para arquivos do MS Office, mas trabalhar com vários outros aplicativos pode ser bastante difícil.
O que me leva a outra parte da sua pergunta: sim, o Alfresco e o WSS podem fornecer interfaces do tipo "Explorer" para seus repositórios de documentos. O WSS faz isso por meio de um WebDAV especial, e o Alfresco pode fornecer tanto WebDAV quanto uma interface CIFS nativa (pasta compartilhada do Windows). Infelizmente, é imprevisível se estes funcionarão com um aplicativo específico. Tente abrir e salvar arquivos do Adobe Creative Suite de e para o WSS via WebDAV ... não muito confiável. Tente usar o suporte ao CIFS do Alfresco para salvar uma modificação em um arquivo existente em um aplicativo que salve, excluindo e sobrescrevendo o arquivo original, como o gedit .... o controle de versão é perdido. Blá.
Mais uma vez, eu não falei sobre opções mais caras (até mesmo o MOSS é bem gasto). Você pode achar que vale a pena trabalhar com um fornecedor que possa fornecer consultoria para que você não fique preso tentando fazer isso sozinho ... ou pelo menos uma solução mais robusta e amigável. Mas realmente, isso vai começar em algum lugar em torno de 25K-100K. Boa sorte em vender isso se as pessoas não estiverem cientes de que há um problema.
Além dos sistemas de gerenciamento de documentos, não há solução para o seu problema. Seu sistema de arquivos compartilhados vai crescer e crescer e crescer.