Não, não há necessidade de o cliente iniciar a Área de trabalho remota para executar aplicativos TS.
A aplicação do TS em execução é muito transparente: o cliente tem que abrir um arquivo .rdp que inicie automaticamente o aplicativo necessário na mesma área de trabalho . A única diferença seria a aparência visual de uma janela (por exemplo, no meu Windows 7, os aplicativos TS do Windows 2008 não têm o estilo Windows Aero). Então, se você colocar um atalho para o arquivo MYOB .rdp no menu Iniciar, será o suficiente.
Nota: ao iniciar o aplicativo TS pela primeira vez, as credenciais do nome de usuário / senha do domínio serão solicitadas. Se eles forem lembrados, iniciar um aplicativo TS na próxima vez será tão fácil quanto iniciar um aplicativo instalado localmente.