Se você estiver usando o Tomcat como um serviço do Windows, poderá ajustar as opções da JVM indo para a pasta bin e executando:
tomcat6 //US//MYSERVICENAME ++JvmOptions=-Dexample.license.directory="C:\Program Files\example"
Desative o serviço antes de fazer isso e reinicie-o quando terminar.
Eu só fiz isso para o meu próprio servidor tomcat e lidou com isso para mim.