Com o desempenho e os recursos do Hypervisor, não há diferença: eles farão exatamente a mesma coisa sem limitação. Quando você instala o produto completo do servidor, você incorrer na sobrecarga que o sistema operacional requer. Você pode usar todas as outras funções disponíveis na edição instalada, cada uma adicionando impacto umas às outras à medida que são adicionadas.
Eu tenho um em cada cenário. O Hyper-V Server era uma máquina com poucas especificações, e eu queria espremer tudo para as VMs.
O Server 2008 R2 com Hyper-V é um servidor de desenvolvimento com uma tonelada de memória e espaço em disco, e eu queria o controle total da GUI direto do console.