Este é um caso em que você não deve estar usando duas unidades UPS , onde cada uma alimenta uma fonte de alimentação. Isso pode ser uma grande parte do seu problema, já que um no-break único pode restaurar o estado de energia anterior após uma interrupção (esse também é o padrão no BIOS HP ProLiant). Ter dois parece atrapalhar essa lógica.
Você está conectado ao no-break via cabo serial ou USB?
Veja as sugestões específicas em:
Como acordar um servidor depois que o UPS o desligar quando a energia da rede elétrica for restaurada?
Isso deve ser fácil de testar, mas, para ser sincero, passo muito pouco tempo lidando com esses casos extremos. O poder da sala do servidor é uma das coisas mais fáceis de planejar, pois você pode especificar x-horas de tempo de execução da bateria e ser capaz de navegar por cenários de perda de energia como este.
Se as interrupções forem maiores, apenas me certifico de poder fazer o remotamente e lidar com as coisas manualmente.