A má notícia é que não há uma solução rápida.
A boa notícia é que o MySQL geralmente não é muito confuso para onde se instala. Eu aconselho você a limpá-los à mão. Comece compilando uma lista de cada instalação. O seguinte comando deve pegar tudo:
INSTALL_PATH="/"
find ${INSTALL_PATH}/{bin,sbin,share} -name 'mysql*' -type f
find ${INSTALL_PATH}/{lib,include,share} -name 'mysql' -type d
Repita o processo com INTSTALL_PATH
como /usr
e /usr/local
, conforme necessário. Em seguida, defina a decisão sobre a instalação que você deseja manter e deseja que seja excluída.
Obviamente, uma das instalações será do RPM, então você não deve deletar isso manualmente. Use o gerenciador de pacotes. E, claro, não exclua qualquer data_dir ou logs sem verificar seu conteúdo primeiro.