Parece que você pode importar um OVA / OVF usando o comando ec2-import-image:
Texto relevante:
You can import VMware ESX VMDK images, Citrix Xen VHD images and Microsoft Hyper-V VHD images for Microsoft Windows Server 2003 R2 and 2008 R1 and R2. You can export previously imported EC2 instances to VMware ESX VMDK, VMware ESX OVA, Microsoft Hyper-V VHD or Citrix Xen VHD file formats. We plan to support import for additional operating systems, versions and virtualization infrastructure products in the future.
Basta verificar para verificar se você está executando a versão mais recente dos seus kits de ferramentas da AWS e você deve estar bem. Você deseja selecionar o formato "Raw" para -f e verificar se os outros sinalizadores estão corretos. Eu não tenho experiência com a VM corporativa do github, então não posso entrar em detalhes, mas, com um pouco de cutucão, você deve estar bem.
ec2-import-instance DISK_IMAGE_FILENAME -t INSTANCETYPE -f FORMATO -a ARCHITECTURE-SYSTEM -b S3_BUCKET_NAME -o PROPRIETÁRIO -w SECRETKEY