E-mails criptografados são criptografados - se você perdeu a chave privada e ela é irrecuperável por outros meios, você não teria acesso a essas mensagens no futuro previsível.
Para entender por que isso acontece, você precisa entender como os certificados funcionam: o par de chaves pública / privada não é gerado pela CA, mas pelo cliente, somente a chave pública junto com as informações de identidade são assinadas pela CA, para que a CA nunca consiga ver a chave privada. Esta é uma parte integral da segurança do certificado - uma CA comprometida não deve permitir que o invasor descriptografe todos os dados criptografados no passado.
Dito isto, se você estiver executando uma CA corporativa interna em seu domínio do AD, é provável que o administrador do seu domínio tenha configurado arquivamento automático de chaves na loja da CA. Se esse for o caso, o administrador da autoridade de certificação pode recuperar a chave particular da loja.
Além disso, o armazenamento de certificados, incluindo as chaves, é armazenado no perfil do usuário. Portanto, se você estiver usando perfis móveis, essas informações foram copiadas para o diretório de perfis localizado no servidor e, provavelmente, poderão ser recuperadas.