Se você usasse o PHP 4 e 5, seria fácil manipular com qual módulo você quer usar:
<IfModule mod_php5.c>
<IfModule mod_php4.c>
Existem 3 maneiras de lidar com esse problema:
- Corrija os problemas nos scripts PHP (da melhor maneira)
- Modifique o código-fonte do PHP para que ele se comunique como "mod_php52.c", "mod_php53.c"
- Execute-o como CGI, quando necessário. Verifique aqui
Você também pode executar 2 servidores em portas diferentes e usar um proxy