Não, isso não causará problemas.
A criação de usuários a partir de software aleatório é feita com uma verificação, onde é testado se o usuário já existe.
E há um método melhor para criar usuários. O comando newusers {file}
em que {arquivo} está no formato
loginname:password:uid:gid:comment:home_dir:shell
(e sim, esse é o formato do arquivo de senha) criará todos os usuários nesse arquivo em que os usuários existentes serão ignorados. Ele também irá criar os diretórios home (onde o seu não irá).
Veja o manual do newusers para algumas dicas e truques (o campo de senha é algo para se olhar já que ele quer texto simples e não senhas criptografadas).