Parece-me que o seu datadir
está num sistema de ficheiros próprio.
Os sistemas de arquivos ext, como a maioria dos FS sob o Unix, têm em sua raiz um diretório chamado lost+found
. Ele existe para permitir que os arquivos que são desconectados (ou seja, têm conteúdo, mas nenhuma entrada de diretório associado) sejam reconectados em algum lugar quando um sistema de arquivos inconsistente é analisado (veja, por exemplo, link para mais detalhes). Essa finalidade é importante na recuperação de desastres, portanto, você não deve excluir o diretório.
Seu problema surge quando o ponto de montagem, no qual o sistema de arquivos que contém esse diretório é montado, é fornecido inteiramente para um aplicativo que espera que tudo nesse ponto de montagem pertença a ele. Sendo o MySQL um desses, ele tenta interpretar o diretório lost+found
como algo relacionado ao db, e (não sem motivo) falha.
Sua melhor aposta é nunca dedicar um FS inteiro a um aplicativo, mas montar o FS em algum ponto de montagem não específico do aplicativo, por exemplo, /data1
, criar um subdiretório abaixo, por exemplo, /data1/mysql
e reconfigure o aplicativo para usar esse diretório como seu datadir.