Se você está apenas perguntando se você deve ter uma partição de "sistema" e uma partição de "aplicativo" separada, não vejo o valor nela, especialmente agora.
Costumava ser uma convenção fazer isso para sistemas de tipo UNIX porque se o volume do sistema estourasse com dados, você poderia ter situações que o tornassem não inicializável ou inutilizável, então a separação de partições era uma maneira pseudo-física de prevenir , digamos, arquivos de log autônomos de preencher sua partição de inicialização.
Hoje você não deve ver muito benefício se estiver mantendo sistemas corretamente. Você poderia realmente ter problemas agora que as atualizações são enormes e as atualizações do sistema são muito grandes; o que antes estava bem em uma partição de instalação do Windows de 10 gig agora é pequena. Eu também vi problemas por causa da forma como o Windows transfere arquivos pela rede e como downloads temporários, onde ele preenche a partição do sistema e não pode copiar as coisas mais tarde, e aumentou os problemas de fragmentação no sistema de arquivos.
Se você estiver virtualizando esse sistema, nem mesmo argumentará que está obtendo um desempenho melhor, já que a máquina virtual é abstraída da camada de disco físico, independentemente de quantas partições / unidades a VM acha que possui.
Se o seu aplicativo é sensível ao tempo, a ponto de não ser possível baixar o sistema para uma verificação de disco (esperamos que você raramente precise dele), provavelmente você deve ter planos em vigor para suporte de failover, manutenção Windows, e no caso da VM, você provavelmente poderia ter uma maneira de manter a VM em execução enquanto estiver diagnosticando um problema com uma captura instantânea ou cópia em uma sandbox, se necessário. Se a operação for crítica, você já deve ter planos para manter o serviço disponível se a máquina falhar. Isso cria a capacidade de corrigir a caixa virtual sem interromper o serviço. Caso contrário, seus usuários terão que viver com um período de inatividade.
Além disso, o Windows está finalmente ganhando mais flexibilidade (e o Linux já tinha isso) na criação de gerenciamento de volume on-the-fly que pode aumentar e diminuir drives e combiná-los em volumes maiores (como suporte ao Linux LVM). O Windows está se afastando lentamente do modelo centrado na unidade e mais no modelo de gerenciamento de volume nos servidores.
Os serviços que você menciona já têm alguma redundância embutida se você estiver usando o Windows DC, então o tempo para um chkdsk não deve ser um problema para muitos deles.
Em geral, a menos que você tenha uma necessidade direta de criar volumes separados como letras de unidade, eu criaria uma unidade grande e deixaria assim. É mais simples, é mais flexível no futuro e, no geral, é um PITA menor para lidar.