Primeiro, tente "chattr" os arquivos e / ou os diretórios onde os arquivos estão localizados.
Além disso, no caso de um rootkit, é melhor uma instalação limpa (um amigo tem "rootkited" e o código desagradável está no binário "ls" e executado em todos os "ls").
Mais tarde: Em uma segunda tentativa, você deve tentar inicializar um LiveCD / LiveUSB, montá-lo e editá-lo / digitalizá-lo.