Adicione a seguinte linha ao script init.d.
run-parts --report /etc/iptables/include.d
Ele irá executar tudo no diretório como um script de shell (precisa ser executável).
Se você só quer executar arquivos que terminam com .port, você poderia usar algo como:
run-parts --regex '\.port$' /etc/iptables/include.d/
Se você quiser ter certeza de que o pedido está correto, você pode nomear os arquivos:
10_web.port
20_ssh.port
etc..