Restaurar de backups em bom estado. Caso contrário, você pode ter que limpar e reinstalar. Uma boa regra é NUNCA confiar em um sistema depois de ter sido comprometido. Há muita chance de que os binários tenham sido substituídos para ocultar uma carga útil ou backdoor.
Quanto ao como, pode ter sido um ataque de injeção de SQL. Ou alguma outra maneira. Você estava executando tudo com os últimos patches?
Este link é de uma cache de um corte aparente no twit.tv (acho que é This Week Em Tech). Se você procurar no Google a frase, você receberá vários hits. Sempre que houver um ataque em massa por script, você encontrará conversas em fóruns diferentes para discuti-lo.
Mais uma vez ... NÃO CONFIE NO SISTEMA. Você provavelmente deve limpar e reinstalar as informações do banco de dados de um backup anterior ... essa é a rota mais segura.