Qualquer resposta deve ser adaptada para quem precisa da prova (ou que tipo de "quem") e o nível da prova (leia-se: quão tolerante é a aplicação das diferenças).
Para o casual: eles constroem a partir das mesmas fontes, então eles são funcionalmente os mesmos. Você pode obter o rpm de origem para qualquer pacote através das duas distribuições e compará-las.
Para o nit-picker: os dois ambientes provavelmente não são os mesmos. Tudo é reconstruído a partir das mesmas fontes, mas o ambiente de criação de RH não é descrito com perfeição. Indiscutivelmente a equipe do CentOS não pode ser idêntica sem conhecimento interno constante. A obra de arte é claramente diferente. Os atualizadores são claramente diferentes: 5.x é mais próximo, pois ambos usam yum, em 4.x C usa yum e RH usa um proprietário.
Para o paranóico: se você permitir atualizações, não haverá duas máquinas que permaneçam as mesmas, a menos que você tome medidas extraordinárias, como clonar discos (e violar o licenciamento ...?).
Para a prática: o que importa para a aplicação? Nós testamos em ambos. Depois de testarmos ambos, podemos implantar os dois.