Minha resposta, que eu dou de uma experiência suada, é: não faça isso. Não tente copiar uma hierarquia de diretórios que faça uso intenso de links físicos, como um criado usando rsnapshot ou rsync --link-dest ou similar. Não funcionará em nada além de pequenos conjuntos de dados. Pelo menos, não de forma confiável. (Sua milhagem pode variar, é claro; talvez seus conjuntos de dados de backup sejam muito menores do que os meus.)
O problema com o uso de rsync --hard-links para recriar a estrutura de arquivos com link físico no lado do destino é que a descoberta dos hard-links no lado da origem é hard . rsync tem que construir um mapa de inodes na memória para encontrar os hard-links, e a menos que sua fonte tenha relativamente poucos arquivos, isso pode e irá explodir. No meu caso, quando soube desse problema e procurava soluções alternativas, tentei cp -a , que também deveria preservar a estrutura de arquivos rígidos dos arquivos no destino. Ele se agitou por um longo tempo e finalmente morreu (com um segfault, ou algo parecido).
Minha recomendação é reservar uma partição inteira para o seu rsnapshot backup. Quando estiver cheio, coloque outra partição online. É muito mais fácil movimentar conjuntos de dados com links pesados como partições inteiras, em vez de arquivos individuais.