Os programas antivírus operam no nível do arquivo, ou seja, em todos os acessos ao sistema de arquivos (abertos, lidos, gravados, etc) que intercedem na solicitação e os filtram de acordo com suas diversas regras. Por exemplo, verificar o conteúdo do arquivo para assinaturas virais, se for um executável.
Os hosts da Máquina Virtual operam no nível da CPU, ou seja, intercedem em seu Sistema Operacional Convidado quando o SO faz algo muito baixo e precisa ser emulado para preservar o estado da VM. O software Host VM ignora o funcionamento real do Sistema Operacional Convidado e opera simplesmente para continuar a ilusão de que o Sistema Operacional Convidado está sendo executado em hardware real (isso não é estritamente verdadeiro, existem várias ferramentas para permitir o acesso do SO Convidado ao sistema operacional). Host OS, drivers de ferramentas VMWare, por exemplo).
A única maneira de isso funcionar seria um driver carregado no Sistema Operacional Convidado que delegasse o controle em cada acesso à VM Host e daí para um programa antivírus de espaço do usuário em execução no host. O resultado dessas operações teria que ser propagado de volta para o sistema operacional convidado a ser aplicado pelo sistema operacional para evitar a corrupção do convidado e do host, modificando as estruturas do disco simultaneamente.
Assim, no final do dia, você teria uma cópia do seu software antivírus executado externamente ao sistema operacional convidado, mas precisaria se comunicar com todos eles (em uma propriedade muito complicada) para alcançar o que uma solução antivírus tradicional Faz.
Nem sequer abordamos a execução de vários sistemas operacionais heterogêneos na mesma VM host, atualizações nesse serviço AV compartilhado, migração de VM entre hosts físicos, etc.
Eu duvido que a solução acima mostre ser tão eficiente quanto um serviço AV tradicional executado dentro do sistema operacional convidado. Qual foi a sua motivação para fazer esta pergunta?