Muitas pessoas experimentaram o VMWare ESXi no Atom e chegaram à conclusão de que funciona se você tiver a placa-mãe certa, mas o desempenho é absolutamente horrível.
Não consigo ver isso sendo diferente para o Hyper-V. Você será capaz de comprar um sistema AMD Opteron barato com virtualização integrada e totalmente suportado pelo Hyper-V pois um sistema Atom vai custar muito, eu recomendo seguir esse caminho.