Não há problemas com pessoas que usam as duas ferramentas ao mesmo tempo. Eu freqüentemente instalo coisas usando apt-get ou aptitude na linha de comando ou uso a interface curses para fazer atualizações de segurança. Tanto o apt-get quanto o aptitude são front-ends do libapt-pkg, que lida com a resolução de problemas e busca de pacotes. O libapt-pkg, por sua vez, usa o dpkg para fazer a instalação real do pacote. Tanto o dpkg quanto o libapt-pkg bloqueiam no lugar certo, de modo que, se alguém estiver executando o aptitude, alguém não pode instalar um pacote via apt-get até que o aptitude seja fechado.
Desde o suporte a auto-dependências do apt-get, não há vantagem de uma ferramenta sobre a outra [0]
[0] exceto que o aptitude não possui poderes super cow.