Para um site sério, o BackupExec é muito, muito poderoso, mas os custos de complexidade e licença são altos, e provavelmente não vale a pena para um site pequeno.
Eu trabalho principalmente em sites pequenos e existem três programas principais que uso.
ntbackup - é simples, mas faz o trabalho e suporta troca / abertura de arquivos.
Cobian - backups locais incrementais, às vezes pode falhar em deletá-los quando deveria (caminho muito longo), mas é bastante sólido e tem relatórios para avisá-lo quando falhar.
rsync - Rock sólido, o melhor software de backup remoto que usei. O Deltacopy é um wrapper do Windows que suporta agendamento, novas tentativas automáticas e relatórios de email. Ele também tem uma parte do servidor Windows, então você não precisa de nenhum * NIX (se você não quiser).