Eu iria com a terceira opção. Vai dar-lhe muita flexibilidade, como você poderia mover um blog para outra empresa de hospedagem, se necessário. Ou se um blog for muito popular, você poderá movê-lo para um farm de servidores sem afetar o outro blog e o site principal.
Quanto a JamieLewis declarando que os subdomínios são apenas para serviços , sub-domínios podem ser usados para o que o proprietário quiser. Se você acha que os blogs são um aplicativo, então cada um deve se qualificar como subdomínio, mesmo sob as regras dele.