Extraído de Mozillazine ...
Instalação genérica
firefox.exe -install-global-extension extension.xpi
Perfil específico
firefox.exe -profile "path to profile folder" -install-global-extension extension.xpi
Instalação em lote
for %%e in ("path to extensions\*.xpi") do "firefox.exe" -install-global-extension "%%e"
for %%e in ("path to themes\*.jar") do "firefox.exe" -install-global-theme "%%e"
Alguém no segmento afirma que trabalha para o Thunderbird da mesma maneira.