Verifique o arquivo metabase.xml ... existe um '1' no início da linha do Framework \ V4.0.21006 no WebSvcExtRestrictionList?
Eu tive o mesmo problema e defini-lo como '1' (ativado) para resolver o problema. O ASP.NET 4.0 Beta 1 não tem esse problema. O problema só apareceu na instalação do ASP.NET 4.0 Beta 2.
Veja como ficou antes de resolver o problema:
WebSvcExtRestrictionList="0,C:\SERVER\system32\inetsrv\httpodbc.dll,0,HTTPODBC,Internet Data Connector
0,C:\Perl\bin\perlis.dll,1,,Perl ISAPI Extension
0,C:\SERVER\system32\inetsrv\httpext.dll,0,WEBDAV,WebDAV
0,C:\Perl\bin\PerlEx30.dll,1,,PerlEx ISAPI Extension
0,C:\Perl\bin\perl.exe "%s" %s,1,,Perl CGI Extension
1,C:\SERVER\system32\inetsrv\asp.dll,0,ASP,Active Server Pages
1,C:\SERVER\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\aspnet_isapi.dll,0,ASP.NET v2.0.50727,ASP.NET v2.0.50727
0,*.exe
0,*.dll
0,C:\SERVER\system32\inetsrv\ssinc.dll,0,SSINC,Server Side Includes
0,C:\SERVER\Microsoft.NET\Framework\v4.0.21006\aspnet_isapi.dll,0,ASP.NET v4.0.21006,ASP.NET v4.0.21006"