Desative o keep-alive de HTTP ou instale um servidor que não seja afetado por isso como um proxy na frente do Apache. O Nginx seria uma boa escolha aqui.
Esse ataque parece ser similar ao ataque de Slowloris, pois ele explora um recurso específico do Apache. É bem trivial se defender contra isso.
Nota: Se você instalar o nginx, desative o keep-alive no apache e mantenha-o ativado no nginx.