Sim ... provavelmente ... se você estiver falando sobre aplicativos que chamam o schannel.dll.
Você mencionou "Servidores" e mencionou "SSlv3", que é um protocolo. Alterações nessa chave do registro exigem uma reinicialização.
Leia este artigo da Microsoft: link
É basicamente a bíblia deste tópico.
Observe que o artigo diz "Alterações na chave CIPHERS ou na tecla HASHES entram em vigor imediatamente, sem a reinicialização do sistema."
No entanto, você está alterando a chave PROTOCOLS. Então, reinicie.
EDITAR: Ah, esqueci de mencionar a parte mais importante - alterações nessa chave do registro, que afetam apenas aplicativos que chamam a DLL do Schannel. (Como IIS, RDP, SQL Server, etc.) Eles NÃO têm EFEITO em aplicativos que usam uma biblioteca de terceiros, como o OpenSSL. Nessas aplicações, é impossível sabermos se será necessária uma reinicialização ou não, porque depende do aplicativo.