Os únicos contras reais que posso ver são:
- falta de otimização PIOPS para o db.m3.large (onde você teria garantida a largura de banda conectando você aos volumes EBS e PIOPS)
- armazenamento de instância / efêmero menor (embora mais rápido) para o m3.large (SSD de 32 GB versus HD de 480 GB de 2x) e, para ser honesto, não sei se o armazenamento de instâncias é relevante para instâncias do RDS
E é isso. Em troca desses contras, você recebe CPUs mais rápidas e preços mais baixos.
Já movi uma instância m1.large padrão executando o escravo CentOS + MySQL (ou seja, uma instância do EC2, não uma instância do RDS) para um m3.large. O chão da CPU ocioso caiu de cerca de 6-7% para 1,5-2%, e os picos de carga foram reduzidos de cerca de 85-90% para 45-50%, simplesmente pelo relançamento como um m3.large.