Não mais. Você meio que respondeu sua própria pergunta. Obviamente, foi decidido que não há necessidade da funcionalidade original -A de não verificar mais as duplicatas ... mas você não pode simplesmente ir, querendo ou não, rasgar a -A, porque alguém script em algum lugar que estava usando -A iria quebrar.
Adicionando alguma documentação oficial para fazer backup da minha reivindicação:
Changes to SetSPN
In Windows Server 2012, SetSPN will no longer be able to register duplicate SPNs in a domain. When SetSPN –a is used, SetSPN will treat it as SetSPN –s.
For eveloping information about SetSPN, see Service Principal Names (SPNs) SetSPN Syntax (Setspn.exe) on the TechNet Wiki. For the command reference, see Setspn in the TechNet Library.