O único tempo de inatividade real que você terá é quando estiver movendo as caixas de correio, pois o Exchange 2003 forçará a transferência da caixa de correio para o estado offline (ou se algo não estiver configurado corretamente quando você alternar o fluxo de mensagens).
Sugiro que você tenha seu fluxo de mensagens pelo Exchange 2010 HT / CAS antes de mover sua primeira caixa de correio para lá.
O Assistente de Implantação do Exchange é um bom começo para obter uma estrutura básica a seguir na sua migração.