O mod_gunzip mencionado por Matt Simmons parece não existir para o Apache 2.x. A substituição mencionada pelo desenvolvedor é usar o Módulo Apache mod_ext_filter . Eu não testei, mas parece que deve ser muito fácil criar um filtro que descompacte os arquivos a serem exibidos.
A outra coisa que você deve considerar é que o navegador mais atual aceita conteúdo que tenha sido comprimido pelo gzip. Pode ser possível para você gzip seus arquivos e servir os arquivos gzip'd sem fazer nada de especial. Aqui está um link com alguns detalhes.