cliconfig.exe é usado no SQL Server 2000, a ferramenta certa a ser usada para o SQL Server 2008 é o SQL Server Configuration Manager. No entanto, ambos parecem manipular as mesmas chaves de registro.
Para x86:
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\MSSQLServer\Client\ConnectTo
para x64:
HKLM:\Software\Wow6432Node\Microsoft\MSSQLServer\Client\ConnectTo
Para criar um novo alias TCP com o powershell (embora você possa usar qualquer ferramenta que manipule o registro), use o seguinte:
New-ItemProperty HKLM:SOFTWARE\Microsoft\MSSQLServer\Client\ConnectTo -name alias1 -propertytype String -value "DBMSSOCN,servera,2001"
Onde alias1 é o nome do alias, servera é o nome do servidor e 2001 é a porta TCP.