Você pode adicionar ignore => "savedsearches.conf"
à sub-rotina do arquivo para excluí-lo das operações no diretório gerenciado.
file{ "/opt/splunk/etc/apps":
recurse => true,
purge => true,
force => true,
source => "puppet:///modules/splunk/$hostname/apps",
ensure => present,
mode => 755,
owner => splunk,
group => splunk,
ignore => "savedsearches.conf"
notify => Service["splunk"]
}