parece ser uma maneira razoável de fazer isso. semelhante ao que tenho feito há cerca de 15 anos (uso do debian desde 1994). sempre funcionou para mim:)
Eu começo com a suposição básica de que se eu modifiquei um arquivo de configuração, então eu tinha uma boa razão para isso, e minhas mudanças provavelmente serão melhores / mais importantes do que qualquer coisa no novo arquivo de configuração padrão.
eu examino a minha configuração e a nova versão empacotada e:
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ignore completamente quaisquer diferenças porque elas não são importantes ou não são relevantes para minha configuração.
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junte qualquer coisa útil da nova configuração à minha configuração existente.
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se houver muitas coisas novas e apenas uma pequena quantidade das minhas alterações que eu quero manter, então eu faço o inverso e mesclo minhas alterações no novo arquivo de configuração e depois uso isso.
Eu não uso ferramentas especializadas ou GUI para isso. Eu apenas uso 'diff -u' e menos e vi mais ocasionalmente algumas das ferramentas de processamento de texto padrão como sed ou perl. O colordiff é legal também, quando a saída do diff é maior que uma tela cheia.