Como você normalmente copia todos os arquivos de uma pasta para um local remoto via FTP:
** Primeiro mova para o diretório local antes de iniciar o cliente ftp **
$ cd /home/qa/html/dataTable-1.6
$ ftp ftp.servername.com
** Login usando loginname e senha **
ftp> cd www/html
ftp> mput *
** mput copiará todos os arquivos encontrados no diretório local atual combinando os atributos (* irá corresponder a todos os nomes de arquivos, * .zip irá apenas faça upload de arquivos terminados com .zip) **
O cliente FTP padrão não suporta cópia recursiva (ou seja, pastas dentro de pastas).
Confira lftp ou ncfp. Esses são clientes ftp com mais recursos, que suportam transferências recursivas, sincronização e muito mais.