Usamos a Diretiva de Grupo para quase tudo hoje em dia, e usamos uma única imagem de disco do Windows que implantamos em todos os nossos computadores. Também temos o System Center Configuration Manager instalado (a versão mais recente do SMS).
Nossa imagem contém todos os aplicativos mais usados em nossas instalações, mas usamos a Diretiva de Grupo para expor somente os aplicativos que o usuário específico ou grupo de usuários precisa ver. Isso mantém o menu Iniciar e a área de trabalho organizada.
O SCCM permite instalar e corrigir software. Isso também pode ser feito por meio da Diretiva de Grupo.
Para tarefas de automação, usamos o PowerShell strongmente. Vale a pena o esforço que você dedicará a aprendê-lo.
Não permitimos que os utilizadores instalem aplicações, pelo que não é necessário remover muito os aplicativos na lista negra, mas, se o fizermos, também poderá ser feito através do SCCM.
Esta é uma questão bem geral. Há alguma coisa em particular sobre a qual você precise saber mais?