A chave para a qual ServerKeyBits
é chave efêmera. Nas chaves do host geradas. É também para a versão 1 do protocolo, que basicamente não é mais relevante, e você o desabilitou no arquivo de configuração Protocol 2
que você colou. Então, no contexto de sua configuração, alterar o ServerKeyBits é completamente sem sentido.
ServerKeyBits
Defines the number of bits in the ephemeral protocol version 1 server key. The minimum value is 512, and the default is 1024.
Se você deseja criar chaves de host rsa de 4096 bits, emita um comando como este.
ssh-keygen -q -f /etc/ssh/ssh_host_rsa_key -N '' \
-b 4096 -t rsa
As chaves DSA são fixadas em 1024 bits e as chaves ecdsa podem ser 256, 384 ou 521 bits. Então, isso geraria a chave ecdsa com o maior número de bits.
ssh-keygen -q -f /etc/ssh/ssh_host_ecdsa_key -N '' \
-b 521 -t ecdsa
Não tenho certeza sobre o Centos / Redhat / Fedora, mas nas distribuições baseadas no Debian as chaves do host são geradas como parte do script postinst. Em um determinado momento, o script init.d também recriaria essas chaves se elas estiverem faltando. Não me surpreenderia se o script de inicialização do ssh no Fedora fosse o que você deveria estar vendo em vez do sshd_config.