O nó system.web afeta apenas os arquivos asp.net, os arquivos * .txt não são afetados por ele.
Para ocultar os arquivos de todos os usuários, existem várias maneiras no IIS 7.x, aqui estão duas:
No web.config dentro do diretório em questão:
<system.webServer>
<security>
<requestFiltering>
<fileExtensions>
<add fileExtension=".txt" allowed="false" />
</fileExtensions>
</requestFiltering>
</security>
</system.webServer>
ou
<system.webServer>
<security>
<requestFiltering>
<hiddenSegments>
<add segment="directoryname" />
</hiddenSegments>
</requestFiltering>
</security>
</system.webServer>
O primeiro oculta todos os arquivos de texto, o segundo oculta todo o caminho do URL, ambos retornam os 404s para o usuário.
Se você quiser permitir que determinados usuários acessem os arquivos, esses métodos não funcionarão. Que tipo de autenticação você está usando?