Sem contexto, é difícil dar respostas exatas, mas o Perl também tem o comando s///
, então isso deve ser fácil.
Para pular determinadas linhas, você pode adicionar algo como
next if $. == 1 || $. == 4;
Para imprimir apenas as colunas fornecidas, você normalmente as mantém em uma matriz e, em seguida, apenas
print "@F[0,2,6,12] ", scalar @F;