Existem projetos como o libpst que permitem o acesso a arquivos PST de dentro do Linux, mas duvido que algo além disso das próprias ferramentas da Microsoft, você terá uma saída PST "limpa".
Não consigo ver por que você não conseguiu se conectar ao servidor IMAP usando o Outlook em sua máquina e simplesmente copiar as mensagens para um ou mais armazenamentos PST montados no Outlook - isso produzirá resultados previsíveis válidos resultados. Se você estiver preocupado com o número de operações manuais necessárias para essa tarefa, considere usar o Outlook VBA para o script recursão de pastas e cópia de mensagens usando o método CopyTo .