Não há razão para não. Não sei se a VMware direcionou você especificamente para executar o vCenter em hardware físico ou virtualizado, acredito que seja compatível com ambos.
Dependendo de que tipos de falhas você está tentando proteger, geralmente é uma boa ideia separar suas instâncias redundantes / em espera das instâncias primárias / ativas o máximo possível. Redes separadas, táxis, fontes de alimentação e até mesmo prédios, cidades e países são boas idéias - eles custam diferentes quantias e vêm com seus próprios desafios.
Neste caso em particular, parece que você teve uma daquelas interrupções que você não tinha projetado / explicado, ou que tinha conscientemente escolhido não projetar ao redor. Colocar seus servidores de gerenciamento na mesma infraestrutura que os hosts do ESXi, junto com as mesmas fontes de alimentação, redes, etc., todos correm o mesmo risco de um único evento, eliminando tudo.
Você tem uma escolha - ou você pode optar por não mudar nada e conviver com as interrupções que resultam desse tipo específico de evento acontecendo novamente, ou optar por não fazer isso e gastar algum dinheiro para atenuar. Qualquer uma delas é uma abordagem válida, depende inteiramente de quanto isso vai custar a você em interrupções, em comparação ao quanto isso vai custar para você mudar.