Provavelmente, isso ocorre devido a um SPN quebrado em algum lugar.
Eu suspeito que os navegadores que não são da Microsoft não executem o Kerberos (ou, pelo menos, não façam da mesma maneira que o IE).
Isso significa que o IE pode estar tentando um logon do Kerberos, onde os outros podem estar usando o NTLM.
Se existir um SPN para http / www.example.com ou host / www.example.com e não pertencer à conta que executa o pool de aplicativos, isso seria uma boa razão para esse tipo de quebrar.
No Windows 2008 ou posterior:
SETSPN -X
irá verificar se há duplicatas; SETSPN -Q http/www.example.com
procurará proprietários desse SPN específico.
Corrija seu problema com o SPN e provavelmente consertará os logons do IE que estão sendo quebrados.
Outras orientações podem lhe dizer para desabilitar a Autenticação Integrada do Windows nas propriedades avançadas do IE; esse é um movimento idiota que quebra o Kerberos para tudo e encobre o problema.
Mais aqui .