Acabei de me afastar de um ambiente DFS-R por causa da razão pela qual você descreveu acima. Os arquivos bloqueados são impossíveis de lidar e causam todos os tipos de conflitos, especialmente se os dois servidores estiverem sendo usados como um failover adequado (para que os usuários atinjam os dois servidores de uma só vez).
Para mim, o DFS-R é decente para replicar através de conexões WAN / VPN para escritórios remotos e não como uma solução de DR. Eu recomendo altamente obter algum tipo de armazenamento compartilhado e usar Clusters de Failover, que melhoraram bastante em 2012 R2 (eu ainda estou no 2008 R2, mas isso nos serviu bem até agora).