O primeiro problema é, todos esses arquivos estão no mesmo sistema de arquivos ou dispositivo de armazenamento físico? Se assim for, a diferença entre uma referência direta e um symlink será quase impossível de detectar.
Você precisa pensar em ordens de magnitude aqui. Seu aplicativo provavelmente é sustentado por uma linguagem de script e um banco de dados. Esses elementos do aplicativo serão o fator limitante, não um recurso secundário do sistema de arquivos. Jeff Atwood explica isso melhor nesta postagem no blog .