O nginx não suporta nativamente websockets. Parece que existe um módulo proxy tcp que pode ser compilado no nginx para fazer isso.
Mas algumas outras discussões (aqui e no SO) parecem indicar que alguém iria diretamente ao node.js.
Considerando que você está usando o socket.io, suspeito que você já esteja usando o node.js no backend. Além disso, este post do blog da equipe do trello é bastante informativo. link