Em geral, as OUs são usadas para:
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Mantendo as coisas limpas e estruturadas. Seus usuários são mantidos longe de grupos, seus grupos são mantidos longe de computadores, objetos no site A são mantidos longe de objetos no site B e assim por diante.
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Delegação de controle. Só é realmente necessário se você tiver vários níveis de acesso ou vários sites com administradores diferentes em cada um. Mesmo assim, planejaria com antecedência e configuraria as coisas para ativá-lo de qualquer maneira.
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Políticas de grupo. Não é totalmente necessário, pois o aplicativo de política pode ser gerenciado por meio de permissões ou filtros WMI, mas, mesmo assim, ajuda saber que, se um usuário estiver em UO X, ele obterá a política Y.
Observe que, acima, você não pode aplicar um GPO a um contêiner; portanto, se você não criar UOs, precisará definir todos os GPOs no nível superior (do domínio) e filtrá-los usando o WMI ou a segurança. É mais fácil para você e para todos os outros usuários apenas usar UOs, exceto se você tiver um cenário em que as políticas específicas que deseja / precise não puderem ser feitas (ou podem ser feitas, mas estão confusas) usando um modelo OU .
Além dos requisitos técnicos óbvios nos meus últimos dois pontos, acho que manter as coisas limpas e arrumadas é razão suficiente. É mais fácil encontrar o objeto que você quer em uma lista de 100 do que encontrá-lo em uma lista de 1500, por exemplo. Ele também separa os objetos que você cria (usuários, computadores e grupos, principalmente) de objetos embutidos, o que pode ajudar a evitar acidentes desagradáveis ("OK, quem apagou a conta de administrador?").