Não tenho tanta certeza sobre as versões anteriores do VSCA, mas é possível associar facilmente o VSCA v6.5 ao domínio do Active Directory. Ele permitirá o gerenciamento central para grupos e usuários dentro do AD existente, para que você possa conceder a eles permissões para gerenciar sua infraestrutura do vSphere. E sim, a integração será possível mesmo se você estiver executando o vCenter separadamente. O importante aqui é que você precisará unir apenas o serviço do controlador de plataforma ao AD, e não ao próprio vCenter.
Para responder sua última pergunta, o tempo limite pode ser modificado aqui: /etc/profile.d/tmout.sh. Encontre as diretrizes detalhadas neste artigo: link