system("whoami");
para obter o nome de usuário do servidor da Web, eu uso www-data
neste exemplo.
Edite seu arquivo sudoers e adicione o seguinte. Onde user
é o nome de usuário em que será executado.
www-data ALL=(user) NOPASSWD: /path/to/program/or/script
Em seguida, use o seguinte comando no PHP.
system("sudo -u user /path/to/program/or/script");