Chopper está correto. Usando ESXi ou ESX com armazenamentos de dados formatados em VMFS, os sistemas de arquivos virtuais só perdem em 2-3% no desempenho quando comparados ao mesmo sistema de arquivos em execução no mesmo hardware. Usando o VMware Server, essa queda de desempenho aumenta devido a sobrecargas de desempenho incorridas pelo sistema operacional host fora do controle da VMware.
No final do dia, acho que os benefícios dos drives virtuais superam em muito a queda de desempenho muito pequena incorrida. VMotion por exemplo.
Estas são todas as observações que fiz através de anos de uso e benchmarking real. Como os estados do sascha conversam com os especialistas da VMware para obter conselhos precisos, em vez de assumidos.