O melhor kernel para executar é aquele fornecido com a distribuição. Este é o mais provável de obter atualizações de segurança oportunas, é mais provável que esteja em um estado estável e confiável, e muito provavelmente compatível com outras coisas (como módulos de kernel carregáveis - drivers - fornecidos por outros pacotes).
Os kernels mainline não se beneficiam de nenhum dos trabalhos que a equipe do Ubuntu coloca em consertar as coisas para funcionar bem no Ubuntu, podem não ser tão bem testados no Ubuntu, e devem ser considerados apenas para fins experimentais. Nem todos os drivers irão trabalhar com eles e, em alguns casos, fazer com que um driver funcione pode implicar a recompilação do driver por conta própria.