Esses materiais devem esclarecer as dúvidas que você levantou:
Um pequeno trecho: Você pode usar com segurança hyperv vSwitches externos pré-existentes para criar uma conexão de rede precisa e transparente. Você só precisará definir a rede do contêiner como transparente usando o driver de rede correspondente.
Na verdade, os modos nat e transparent não são os únicos disponíveis. Há também sobreposição, drivers de rede l2bridge e l2tunnel. Por favor, consulte os artigos que forneci acima para mais informações.
Quanto à sua pergunta sobre se ficar com os contêineres do Hyper-v ou do Windows, eu diria que depende totalmente de você. Pelo que tenho visto, os contêineres Windows devem inicializar mais rapidamente do que os Hyper-v, só porque você não precisa implantar um sistema operacional e não precisa desperdiçar memória RAM ou recursos de armazenamento adicionais para vários sistemas operacionais.